פרופ' דניאל (דני) כהן נמנה עם סגל אוניברסיטת תל אביב (אוניברסיטת ת"א) מאז שנת 2002, ומכהן כפרופסור מן המניין מאז 2007. קודם לכן שירת בצה"ל כמנהל המכון לחקר מחלות זיהומיות בחיל הרפואה. פרופ' כהן כיהן כראש בית הספר לבריאות הציבור באוניברסיטת תל אביב וכחבר נבחר בוועד המנהל של סנאט האוניברסיטה. בשנים 2009–2024 החזיק בקתדרה ע"ש דיאנה וסטנלי שטייר למניעה ובקרת סרטן, ובשנים 2009–2018 כיהן כמנהל מכון סטנלי שטייר לאפידמיולוגיה וחקר הסרטן.

פרופ' כהן הוא ממייסדי המכון הבינלאומי לקיץ באפידמיולוגיה מתקדמת ורפואה מונעת בבית הספר לבריאות הציבור באוניברסיטת תל אביב ומנהלו מאז 2012, וכן ממייסדי התוכנית לתואר מוסמך בבריאות הציבור (MPH) בבית הספר לרפואה של אוניברסיטת קופרבלט בזמביה. הוא כיהן כחבר הוועד המנהל ולאחר מכן כיושב ראש הקונסורציום המזרח־תיכוני לניטור מחלות זיהומיות (MECIDS), ומשמש כחבר בוועדות מייעצות לאומיות ובינלאומיות שונות בתחום המחלות הזיהומיות והחיסונים.

פרופ' כהן שימש במספר הזדמנויות כיועץ לארגון הבריאות העולמי (WHO). בנובמבר 2020 מונה לחבר בקבוצת הייעוץ הטכנית של ארגון הבריאות העולמי לתעדוף חיסונים מועמדים (TAG-CVP), ומפברואר 2026 הוא מכהן גם כחבר בקבוצת הייעוץ הטכנית של ארגון הבריאות העולמי בנושא חיסונים נגד שיגלה.

מחקריו של פרופ' כהן וקבוצת המחקר שלו בבית הספר לבריאות הציבור באוניברסיטת תל אביב מתמקדים בפיתוח ובהערכה של חיסונים, בדגש מיוחד על חיסונים נגד שיגלה. פרופ' כהן הנחה סטודנטים רבים לתארים מתקדמים ומשתלמי בתר־דוקטורט, זכה במספר פרסים על תרומתו למחקר, ופרסם למעלה מ־300 מאמרים בכתבי עת מדעיים שעברו ביקורת עמיתים. בספטמבר 2025 הוענק לפרופ' כהן פרס מפעל חיים מטעם איגוד רופאי בריאות הציבור בישראל, כהוקרה על תרומתו המשמעותית לקידום בריאות הציבור בישראל.